Peut-on utiliser l’ADN environnemental pour le suivi quantitatif des populations de poissons migrateurs ?
Résumé
Dans le contexte actuel de fort déclin des populations de poissons amphihalins, l’ADN environnemental (ADNe) émerge comme une approche non invasive prometteuse pour compléter les approches traditionnelles de suivi. Dans cette étude, nous avons développé et validé des marqueurs génétiques spécifiques permettant de détecter et d’identifier sans ambiguïté cinq espèces emblématiques de poissons migrateurs (truite commune, saumon atlantique, lamproie marine, anguille européenne et alose spp.). Nous avons ensuite évalué si la quantité d’ADNe détectée dans l’eau à l’aide de ces marqueurs pouvait refléter de manière fiable les abondances mesurées au niveau des stations de comptage de cinq fleuves. Les résultats montrent une détection efficace pour certaines espèces et contextes, mais avec une variabilité importante selon les marqueurs et les conditions environnementales (température, turbidité, débit). Ainsi, sur l’Adour, des pics de concentrations d’ADNe ont été observées en décalage de quelques semaines après les pics de migration d’Alose et de truite. La température de l’eau semble jouer un rôle majeur dans la libération et la persistance de l’ADNe avec des concentrations optimales d’ADNe obtenues pour les plages de température intermédiaires (autour de 18 °C). En revanche, les variations de débit, notamment au printemps, semblent réduire la détectabilité des espèces en raison de la dilution de l’ADNe. Cette étude constitue une étape importante dans l’intégration de l’ADNe comme outil complémentaire aux méthodes traditionnelles de suivi des poissons migrateurs amphihalins, notamment pour les espèces peu documentées à l’échelle nationale. Cependant, la complexité des processus de transport et de dégradation de l'ADN dans l’eau – encore partiellement élucidée, et la forte variabilité observée entre les cours d’eau incitent à poursuivre ces recherches sur plusieurs années pour optimiser les protocoles de prélèvement et d’analyse, et intégrer avec précision les paramètres environnementaux dans des modèles prédictifs fiables.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Erwan Quéméré , Zoé Raphalen , Anne-Laure Besnard , Marine Vautier , Natacha Nikolic
Publication : Sciences Eaux & Territoires
Date : 2025
Issue : 47
Pages : 8475