Nouvelle publication : poser les bases de l’analyse qualitative et quantitative du zooplancton en eau douce par metabarcoding

Une nouvelle étude publiée dans Environmental DNA présente un cadre méthodologique complet pour développer des approches de metabarcoding fiables et quantitatives appliquées aux communautés de zooplancton d’eau douce. Ce travail rassemble plusieurs équipes du réseau AnaEE France, dont le CARRTEL/OLA (INRAE – Université Savoie Mont Blanc), U3E, DECOD, SETE et le CEREEP–Ecotron IDF.

L’article propose :

• de nouveaux amorces metabarcoding spécifiquement conçus pour les Cladocères, Copépodes et Rotifères ;
• une évaluation systématique des méthodes de collecte, de conservation d’échantillons et d’extraction d’ADN, montrant notamment l’importance d’un stockage à froid et de volumes suffisants de biomasse pour limiter la perte de diversité détectée ;
• une quantification des biais d’amplification liés aux amorces, identifiés comme le principal facteur affectant l’interprétation quantitative des données.

Les résultats posent des bases solides pour standardiser les futurs suivis moléculaires des écosystèmes lacustres et améliorer l’intégration du zooplancton dans les indicateurs de qualité écologique.

Pour lire l'article, c'est ici : https://doi-org.inee.bib.cnrs.fr/10.1002/edn3.70219

Pour regarder la vidéo YouTube associer au projet, c'est ici : https://www.youtube.com/watch?v=1UmxYm2EqKA