Résumé
Le sol est une des composantes essentielles au soutien du fonctionnement de l’écosystème. Il est lesupport de la production primaire, un habitat pour la diversité biologique et remplit de nombreux processus écologiques. Les activités anthropiques, et parmi elles, les pratiques agricoles intensives, ont conduit à des déséquilibres au sein du sol causant un fort déclin de leur biodiversité. En réponse à ces effets, de nouvelles pratiques agricoles ont été développées pour préserver les sols et les services écosystémiques qu’ils fournissent. Ces pratiques dites innovantes s’appuient principalement sur la réduction du travail du sol, une gestion intégrée des résidus de culture, l’installation d’un couvert végétal permanent ou encore l’introduction de légumineuses dans les rotations de culture. C’est dans ce contexte de mutation des pratiques agricoles que s’inscrit ce sujet de thèse qui vise à mieux comprendre les effets de l’adoption de ces gestions innovantes sur (i) la diversité des communautés de la macro- et de la mésofaune du sol et (ii) sur le fonctionnement du sol en termes de stockage ducarbone organique (source de nourriture de base), de structure du sol et de distribution de la taille des pores (milieu de vie). Au cours des différents chapitres de ce travail, nous avons mis en évidence trois actions liées à des pratiques agricoles innovantes combinant des approches expérimentales in et ex situ. L’objectif de la première action visait à étudier l’effet combiné de l’introduction de légumineuse (féverole) et de la réduction du travail du sol sur le compartiment endogé. Pour y répondre, nous avons développé une conception expérimentale empirique faite avec la combinaison des situations rencontrées dans les fermes. Nos résultats ont montré que l’interaction entre les deux pratiques innovantes n’a pas entrainé d'augmentation significative de la diversité de la faune du sol. Les fonctions microbiennes ainsi que la dynamique du carbone (C) et de l’azote (N) ne semblent pas non plus être affectées par ces pratiques. Il s’avère que les effets bénéfiques de ces pratiques innovantes ne peuvent être envisagés sans prendre en compte la manière dont elles sont mises en oeuvre à l’échelle des rotations culturales et des itinéraires techniques. Cela nous a permis de valoriser une seconde action dont l’objectif était de suivre dans les mêmes conditions pédoclimatiques et mêmes itinéraires techniques, l'effet à long terme (quatre ans) de cinq régimes de gestion différents sur les communautés de faune du sol. Les traitements comprenaient des combinaisons de différentes cultures (annuelles, vivaces), de différents taux de fertilisation azotée (ajout d'azote, azote réduit),incorporation ou élimination de résidus de culture et différentes intensités de labour (labour vs. travail superficiel). Les résultats ont montré que la réduction de l’intensité du travail du sol a favorisé la diversité des collemboles et ses groupes fonctionnels grâce à l’amélioration des conditions de l’habitat à travers l’augmentation de la biomasse microbienne de carbone (source trophique). Par ailleurs, les autres composantes de la gestion, soit la « réduction des apports d’azote » et la « restitution / exportation des résidus de culture», n’ont pas eu d’effet sur les collemboles (abondance et richesse), notamment sur ceux vivants dans le sol, qu'ils soient hémi ou euédaphiques. Toutefois, cette étude démontre que la dissemblance dans la composition des assemblages de collemboles augmente avec la différenciation temporelle des pratiques agricoles et le travail du sol est le premier facteur responsable de cette trajectoire. Cette assertion a donné lieu à une troisième action dont l’objectif était de suivre sur une saison de végétation la conversion de la perturbation mécanique résultant du travail du sol sur la résistance et résilience fonctionnelle des assemblages biotiques édaphiques.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Sekou Fanta Mady Coulibaly
Date : 2018
Catégorie(s)
#ACBB #ACBB Mons #INRAERésumé
The acoustic camera is a non-intrusive method increasingly used to monitor fish populations. Acoustic camera data are video-like, providing information on fish behaviour and morphology helpful to discriminate fish species. However, acoustic cameras used in long-term monitoring studies generate a large amount of data, making one of the technical limitations the time spent analysing data, especially for multi-species fish communities. The specific analysis software provided for DIDSON acoustic cameras is problematic to use for large datasets. Sonar5-Pro, a popular software in freshwater studies offers several advantages due to its automatic tracking tool that follows targets moving into the detection beam and distinguishes fish from other targets. This study aims to assess the effectiveness of Sonar5-Pro for detecting and describing fish passages in a high fish diversity river in low flow conditions. The tool's accuracy was assessed by comparing Sonar5-Pro outputs with a complete manual analysis using morphological and behavioural descriptors. Ninety-eight percent of the fish moving into the detection beam were successfully detected by the software. The fish swimming direction estimation was 90% efficient. Sonar5-Pro and its automatic tracking tool have great potential as a database pre-filtering process and decrease the overall time spent on data analysis but some limits were also identified. Multi-counting issues almost doubled the true fish abundance, requiring manual operator validation. Furthermore, fish length of each tracked fish needed to be manually measured with another software (SMC). In conclusion, a combination of Sonar5-Pro and SMC software can provide reliable results with a significant reduction of manpower needed for the analysis of a long-term monitoring DIDSON dataset.
Auteurs, date et publication :
Auteurs François Martignac , Jean-Luc Baglinière , Dominique Ombredane , Jean Guillard
Publication : Aquatic Living Resources
Date : 2025
Volume : 34
Pages : 22
Catégorie(s)
#INRAE #OLAAuteurs, date et publication :
Auteurs Laurent Lagadic , Arnaud Giusti , Alpar Barsi , Jean-Pierre Thomé , Célia Joaquim-Justo , Benoit Roig , Virginie Ducrot
Date : 2012
Catégorie(s)
#INRAE #PEARLRésumé
The IPCC previsions for the upcoming decades include an increase in frequency and intensity of drought events in several regions worldwide, including Northern Europe. Drought significantly affects forest ecosystems through decreased productivity, increased vulnerability to biotic disturbances and increased subsequent mortality. How forest ecosystems maintain resistance and resilience to drought events are important questions. Our study aimed to assess whether species mixture or an individual tree size within a stand alters a given tree’s resilience and resistance to drought. A retrospective study of tree-ring widths allowed us to calculate resistance, resilience and recovery indices for five recent drought events: 1976, the 1990–1992 period, 2003, 2006 and 2010. These drought events were selected based on the SPEI (Standardized Precipitation Evapotranspiration Index) drought index. Our study sample consisted of 108 individual sessile oak (Quercus petraea (Matt.)) or Scots pine (Pinus sylvestris L.) trees sampled in 2012 and 2013 (Orleans forest, central France) in pure and mixed stands, divided into three diameter classes corresponding to three sizes: large, medium and small trees. Scots pine performed better than sessile oak during the 1990–1992 and 2010 droughts while the contrary was observed for the 2003 and 2006 droughts. They performed equally in 1976. We suggest that the differing sensitivity of the two species to spring and summer drought explained this result. In our study, stand composition had no effect on resilience or resistance for either species. The size effect in oaks was unclear as small oaks displayed either a better performance or a worse performance than large oaks. Small pines displayed better resistance and resilience than pines of a larger size. This work stressed the importance of taking into account stand composition and trees size as well as soil and climatic conditions for each drought events to achieve a better understanding of the diversity of responses to climatic variations among forest ecosystems.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Morgane Merlin , Thomas Perot , Sandrine Perret , Nathalie Korboulewsky , Patrick Vallet
Publication : Forest Ecology and Management
Date : 2015
Volume : 339
Pages : 22-33
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#FORET OPTMix #INRAEAuteurs, date et publication :
Auteurs C. Perrier , J. C. Molinero , D. Gerdeaux , O. Anneville
Publication : Journal of Fish Biology
Date : 2025
Volume : 81
Issue : 5
Pages : 1501-1513
Catégorie(s)
#INRAE #OLARésumé
Earthworms contribute to a wide range of ecosystem services in agriculture. Most studies focusing on impacts of annual crop management on earthworm communities are related to soil tillage, fertilisation or pesticides, while the effect of introducing temporary grassland into an annual crop rotation remains largely unknown. In this context, the aims of the present study were to evaluate effects of (i) introducing grassland into a crop rotation, (ii) grassland duration and (iii) grassland fertilisation on earthworm communities and grassland forage production in a long-term experimental station in western France. Three years of highly fertilised (230 kg ha(-1) yr(-1) of mineral nitrogen) grassland preceded by three years of annual crop rotation was compared to an annual crop rotation without grassland and to six years of grassland either lightly (30 kg ha(-1) yr(-1) of mineral nitrogen) or highly (230 kg ha(-1) yr(-1) of mineral nitrogen) fertilised. Grassland introduction into a crop rotation significantly increased earthworm abundance, biomass, and diversity, especially for anecic species, and improved the functional structure of the earthworm community. Grassland duration and fertilisation increased earthworm abundance and biomass, especially for anecics, without affecting endogeic species and earthworm diversity. Grassland duration did not increase forage production, but the increase in fertilisation did. Three years of highly fertilised grassland significantly increased earthworm abundance and biomass, improved the functional structure of the earthworm community and produced as much forage per year as six years of highly fertilised grassland. Overall, the introduction of grassland into annual crop rotations appears an effective way to rapidly increase earthworm community parameters and, given the important role of earthworms in soils, enhance soil functioning.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Kevin Hoeffner , Hoël Hotte , Daniel Cluzeau , Xavier Charrier , Francois GASTAL , Guenola Peres
Publication : Applied Soil Ecology
Date : 2025
Volume : 162
Pages : 1-7
Catégorie(s)
#ACBB #ACBB Lusignan #ANR-Citation #INRAEAuteurs, date et publication :
Auteurs V. Pot , P. Benoit , V. Etievant , N. Bernet , C. Labat , Y. Coquet , S. Houot
Publication : European Journal of Soil Science
Date : 2025
Volume : 62
Issue : 6
Pages : 797-810
Catégorie(s)
#INRAE #PRO #PRO QualiAgroRésumé
Soil organic carbon (OC) sequestration (i.e. the capture and long-term storage of atmospheric CO2) is being considered as a possible solution to mitigate climate change, notably through land use change (conversion of cropped land into pasture) and conservation agricultural practices (reduced tillage). Subsoil horizons (from 30 cm to 1 m) contribute to ca. half the total amount of soil OC, and the slow dynamics of deep OC as well as the relationships between the OC depth distribution and changes in land use and tillage practices still need to be modelled.
Auteurs, date et publication :
Auteurs S Keyvanshokouhi , S Cornu , F Lafolie , J Balesdent , B Guenet , N Moitrier , N Moitrier , C Nougier , P Finke
Publication : Science of The Total Environment
Date : 2025
Pages : 15
Catégorie(s)
#INRAE #VirtualSoilRésumé
We evaluated the effect of 12-mm passive integrated transponder (PIT) tag implantation on age-0 brown trout Salmo trutta. The effects of implantation method (i.e. surgical incision or injection) and individual tagger on survival, tag retention and growth were assessed during a 60-day hatchery experiment. Two size classes of fish (total length) were considered: small (50–55 mm) and large (56–63 mm). For fish ≤ 55 mm, survival rate at 60 days was lower for tagged than for control fish (80.7 vs 91.2%, respectively), varied between taggers, but was not affected by the implantation method. For this size class injection resulted in a higher retention rate than surgical implantation (89.4 vs 69.4%, respectively); tag retention also varied among the individual taggers. The growth in length and weight of fish from this class was significantly impaired by tagging at 30 and 60 days (e.g. mean ± SD length at 60 days = 76.5 ± 8.4 mm for tagged fish vs 81.2 ± 7.9 mm for control), and individual specific growth rates (SGR) of tagged fish differed between taggers. In contrast, for larger fish (>55 mm), neither implantation method nor tagger affected survival (mean = 93.2%), tag retention (mean = 86.6%), and growth rate (mean ± SD specific growth rate = 1.07 ± 0.48% during the first 30 days). A slight slowdown in growth (length) appeared within 30 days post-tagging but was compensated at 60 days. Results suggest that implanting 12-mm PIT tags in salmonids smaller than 55 mm (TL), by different taggers and using either surgery or injection, may have significant effects on survival, tag retention, and growth.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Alexandre Richard , Jane O’Rourke , Arnaud Caudron , Franck Cattanéo
Publication : Fisheries Research
Date : 2025
Volume : 145
Pages : 37-42
Catégorie(s)
#INRAE #OLAAuteurs, date et publication :
Auteurs Wassila Riah , Karine Laval , Emilie Laroche-Ajzenberg , Christian Mougin , Xavier Latour , Isabelle Trinsoutrot-Gattin
Publication : Environmental Chemistry Letters
Date : 2025
Pages : 19