Auteurs, date et publication :
Auteurs Nathalie Korboulewsky , Théo Javoy , Rock Ouimet , Thomas Perot
Date : 1970
Catégorie(s)
#⛔ No DOI found #FORET OPTMix #INRAERésumé
Abstract
Ciliates are unicellular heterotrophic organisms that play a key role in aquatic planktonic and benthic food webs. Advances in sedimentary DNA (sed-DNA) analysis offer the possibility to integrate these bioindicators in paleoenvironmental reconstructions. In this study, we used the top–bottom paleolimnological approach and metabarcoding techniques applied to sed-DNA to compare the recent and past (i.e. prior to major anthropogenic impacts) ciliate communities of 48 lakes located along an elevation gradient. Our results show an overall decline in the β-diversity in recent time, especially in lowland lakes, which are more strongly exposed to local human pressures. Analyses of the functional groups indicate important restructuration of the food web, including the recent increase in mixotrophs. Moreover, changes in the benthic ciliates were consistent with the widespread increase in deep water anoxia. Our results provided evidence that sed-DNA can uncover information about past ciliate communities on a wide variety of lakes. Overall, our study demonstrates the potential of using ciliates as new paleoindicators, integrating information from the pelagic to the benthic zones, and providing valuable insights into ecosystem functioning through a trait-based functional community approach. As paleoindicator, they thus offer a more holistic view on the long-term changes of aquatic ecosystems.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Cécilia Barouillet , Valentin Vasselon , François Keck , Laurent Millet , David Etienne , Didier Galop , Damien Rius , Isabelle Domaizon
Publication : Scientific Reports
Date : 2022
Volume : 12
Issue : 1
Pages : 7899
Catégorie(s)
#INRAE #OLAAuteurs, date et publication :
Auteurs Silvano Fares , Adriano Conte , Abad Chabbi
Publication : Environmental Science and Pollution Research
Date : 2025
Volume : 25
Issue : 9
Pages : 8240-8248
Catégorie(s)
#ACBB #ACBB Lusignan #INRAERésumé
Although they are widespread, diverse and involved in biogeochemical cycles, microbial eukaryotes attract less attention than their prokaryotic counterparts in environmental microbiology. In this study, we used publicly available 18S barcoding data to define biases that may limit such analyses and to gain an overview of the planktonic microbial eukaryotic diversity in freshwater ecosystems. The richness of the microbial eukaryotes was estimated to 100 798 operational taxonomic units (OTUs) delineating 1267 clusters or phylogenetic units (PUs, i.e. monophyletic groups of OTUs that are phylogenetically close). By summing the richness found in aquatic environments, we can predict the microbial eukaryotic richness to be around 200 000–250 000 species. The molecular diversity of protists in freshwater environments is generally higher than that of the morphospecies and cultivated species catalogued in public databases. Amoebozoa, Viridiplantae, Ichthyosporea, and Cryptophyta are the most phylogenetically diverse taxa, and characterisation of these groups is still needed. A network analysis showed that Fungi, Stramenopiles and Viridiplantae play central role in lake ecosystems. Finally, this work provides guidance for compiling metabarcoding data and identifies missing data that should be obtained to increase our knowledge on microbial eukaryote diversity.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Didier Debroas , Isabelle Domaizon , Jean-Francois Humbert , Ludwig Jardillier , Cécile Lepère , Anne Oudart , Najwa Taïb
Publication : FEMS Microbiology Ecology
Date : 2017
Volume : 93
Issue : 4
Catégorie(s)
#INRAE #OLARésumé
L’objectif du projet est de proposer des méthodes permettant à terme de construire un outil de prévision du rendement et de la qualité (teneur en huile et teneur en acide oléique) du tournesol quelques semaines avant sa récolte, à l’échelle d’un bassin de collecte, à l’aide de modèles plus ou moins complexes associés à des observations d’états de culture (GAI: green area index) acquises par voie satellitaire et supposées améliorer la qualité de prédiction des modèles. Il s’agit donc d’identifier les types de modèles les mieux adaptés à la prévision à l’échelle territoriale parmi une gamme de modèles allant des modèles corrélatifs les plus simples (à une ou deux variables explicatives) aux modèles de cultures dynamiques plus ou moins spécifiques (SUNFLO, SAFY). L’intérêt des techniques d’assimilation de données de GAI acquises par télédétection dans les modèles dynamiques de culture pour en améliorer la qualité de prédiction est également évalué. Des sujets périphériques à ces problématiques, mais incontournables dans l’objectif d’élaborer les modèles et de construire un outil de prévision opérationnel, sont étudiés: (i) détermination de méthodes simples et rapides d’estimation du GAI au sol afin de faciliter la constitution de réseaux de dispositifs de «vérité terrain» nécessaires à la calibration des modèles biophysiques, (ii) constitution d’une base de données d’itinéraires techniques, de contextes de culture (données d’entrée des modèles de culture), de production (rendement, teneurs en huile et en acide oléique: données indispensables pour construire et évaluer les modèles de prédiction) et d’images satellitaires sur plusieurs centaines de parcelles agricoles, (iii) estimation de la date de levée de la culture (rarement disponible, mais indispensable pour certains modèles de culture) par voie satellitaire et (iv) localisation de toutes les parcelles de tournesol d’un territoire en cours de campagne, à l’aide de la télédétection.Le principal résultat est que les modèles corrélatifs simples à une ou deux variables explicatives (GAI maximal au cours du cycle et persistance du GAI pendant la phase reproductive du cycle) paraissent les plus pertinents pour prédire le rendement à l’échelle de parcelles au sein d’un territoire.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Luc Champolivier , Ph Debaeke , Jean-François Dejoux , Caroline Dizien , Arnaud Micheneau , Céline Colombet , Hervé Gibrin , Célia Pontet , Ahmad Al Bitar , Ronan Trépos , Arnaud Ansart , Claire Sicre , Bernard Garric , Emmanuelle Mestries , Pierre Casadebaig , Yasmil Diclo
Date : 2019
Catégorie(s)
#INRAE #RecordAuteurs, date et publication :
Auteurs D. Epron , Y. Nouvellon , L. Mareschal , L. S. Koutika , B. Geneste , J. S. Delgado Rojas , J. P. Laclau , G. Sola , J. L. De Moraes Gonçalves , J. P. Bouillet
Publication : Forest Ecology and Management
Date : 2025
Volume : 301
Pages : 102-111
Catégorie(s)
#CIRAD #FORET Itatinga #INRAERésumé
As forest ecosystems generally develop on poor and unfertilized soils, nutrient cycles and input/output budgets, notably in the humus compartment, are key to determining forest sustainability. Previous studies generally focused on the ecosystem scale or only on C, N, P in the humus layer. Our objectives in this study are to establish these budgets for principal elements, considering dust inputs and, for the first time, particulate outputs. To achieve these objectives, the inputs and outputs of the elements in litterfall, particulates (dust inputs and particulates in the outgoing solution) and solution were quantified in mulls in two contrasting soils in beech ecosystems monitored for 7 years. The concentrations of the elements in the particulate outputs were 3 or 16 times higher than those in dust, because some particles were produced in the humus. The input/output budgets were balanced for K, Na and S in both soils and for P, Si and Mg in one soil. These elements were transported in the humus mainly as a solution or as a soluble form in plant tissues. For Ca and Mn in both soils and for P, Si and Mg in one soil, the elements found in biominerals, the inputs were higher than the outputs, indicating that other outputs were not taken into account in this balance, such as biomineral sedimentation or uptake by fungi. These results show the importance of the humus particles in element cycles.
Auteurs, date et publication :
Auteurs Marie Dincher , Christophe Calvaruso , Marie-Pierre Turpault
Publication : Biogeochemistry
Date : 2020
Volume : 151
Issue : 1
Pages : 1-14
Catégorie(s)
#FORET Montiers #INRAEAuteurs, date et publication :
Auteurs Marie-Agnès Coutellec , Marc Collinet , Thierry Caquet
Publication : Ecotoxicology
Date : 2011
Volume : 20
Issue : 3
Pages : 524-534
Catégorie(s)
#INRAE #PEARLAuteurs, date et publication :
Auteurs Murielle Georges-Leroy , Jérôme Bock , Etienne Dambrine , Jean-Luc Dupouey , Jean-Denis Laffite
Date : 2025
Pages : 29
Catégorie(s)
#FORET Montiers #INRAEAuteurs, date et publication :
Auteurs Amélie Frantz , Marie-Elodie Perga , Jean Guillard
Publication : Ecology and Evolution
Date : 2025
Volume : 8
Issue : 17
Pages : 8713-8725