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eDNA

2019 TP eDNALa plateforme EDNA est spécialisée dans l'approche metabarcoding pour identifier les communautés microbiennes, animales et végétales en utilisant des échantillons environnementaux (sol, eau, fèces etc.). Habituellement, le metabarcode d'ADN est conçu selon la question scientifique, et cible l'ADN multi-copie (ADN de chloroplaste, ADN mitochondrial, ADN ribosomal nucléaire). La plateforme eDNA peut offrir un support pour :

  1. la conception des expériences selon la question scientifique, les contraintes techniques et la stratégie pour assurer la qualité des données;
  2. extraction d'ADN à grande échelle;
  3. amplification d'ADN à grande échelle;
  4. la sous-traitance du séquençage avec une entreprise qui fournit un service de haute qualité lors du séquençage d'amplicons;
  5. l'analyse des séquences brutes jusqu'à la production d'un tableau de cotingence qui sera ultérieurement analysé par l'écologiste;
  6. la discussion sur l'interprétation scientifique en fonction des pièges potentiels de l'approche metabarcoding.

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Localisation

LECA, UMR UGA-USMB-CNRS 5553
Université Grenoble Alpes
CS 40700
38058 Grenoble cedex 9
FRANCE

     
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