D’une surface totale de 800 m², les halls sont compartimentés en une quinzaine de salles techniques (laboratoire, bureaux, ateliers, chaufferie, etc.) ou expérimentales (salles climatisées, rigoles lotiques, frayères artificielles...). Certaines sont consacrées à la production ou au maintien d’organismes modèles : poissons (aloses, lamproies, anguilles, jeunes stades de salmonidés...), invertébrés (écrevisses, daphnies, chironomes...), algues, plantes, etc.
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