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Cette plate-forme technique a été mise en place pour permettre aux écologistes d'effectuer une analyse à grande échelle de l'ADN environnemental via une approche métacarcodique. L'ADN métacarcodifié fait référence à l'identification par ADN à haut débit d'espèces multiples provenant de l'ADN environnemental. Les principales applications consistent à analyser le régime alimentaire à partir des matières fécales, à évaluer la biodiversité en utilisant des échantillons de sol ou d'eau et à reconstruire la paléo-environnement à l'aide de sédiments lacustres et d'échantillons de pergélisol.

La plateforme eDNA est composée de trois salles d'extraction pré-PCR dédiées aux fèces, au sol et à l'ADN ancien, ainsi qu'à plusieurs salles post-PCR dédiées à la purification et au titrage de produits PCR. Le séquençage de prochaine génération sur les plateformes Illumina (HiSeq ou MiSeq) est externalisé.

Outre l'équipement de base (centrifugeuses, vortex, etc.), la plate-forme eDNA est équipée d'une tête de pipetage 96 et de deux machines PCR avec chacune 384 têtes. Cela permet la mise en place, l'amplification et la purification de plus de 4500 PCR par jour.

Pour l'échantillonnage à grande échelle (sol ou fèces), la plate-forme eDNA possède des équipements qui peuvent être transportés et installés sur le terrain pour permettre l'extraction d'ADN juste après l'échantillonnage et pour ramener l'ADN sur les colonnes d'extraction. En utilisant cette approche, des extractions à grande échelle ont été effectuées en Guyane française, en Chine et en Afrique du Sud.

Le personnel impliqué dans la plate-forme eDNA a toutes les compétences pour concevoir de nouveaux metabarcodes et les tester in silico, pour la conception des expériences (nombre d'échantillons, nombre de lectures de séquence, nombre de contrôles positifs et négatifs, comment produire une base de données de référence, etc.), pour la réalisation des expériences en laboratoire et pour l'analyse de la production des séquenceurs nouvelle génération (en utilisant un ensemble de programmes développés dans la plate-forme eDNA, et spécifiquement dédiés au méta-codage ADN, http://metabarcoding.org/obitools ).

Contact: Pierre Taberlet, responsable scientifique de la plateforme, Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

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