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L'INRA recrute un ingénieur en informatique pour le développement d'APIs dédiées à l'identification/citation de données scientifiques sur les écosystèmes.
  • Employeur : INRA
  • Titre : Ingénieur développeur
  • Thèmes : API, standards de métadonnées, partage de données, DOI, sémantique, écosystèmes
  • Date limite de candidature : ouvert jusqu'à pourvoi
  • Lieu : Avignon, France
  • Durée : 14 mois
  • Date de publication : 15 avril 2017
  • Contact : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser., object = « Dévelopeur API»
Contexte général

Quel que soit le domaine d'activité, le partage de données est un élément majeur pour le développement des connaissances et l'innovation. Il offre de nouvelles opportunités pour la recherche et, en complément du partage des résultats scientifiques, constitue le principal pilier de l'Open Science. Pour être visibles, exploitables et citables, les données partagées doivent être correctement caractérisées et identifiées en utilisant les normes et recommandations internationales.

Dans le contexte national français et international des infrastructures dédiées à l'étude de l'environnement (AnaEE-France, AnaEE-UE, ENVRIplus), l'INRA et le CNRS développent un système d'information pour la gestion des données scientifiques provenant de l’étude des écosystèmes. Ces données sont caractérisées sémantiquement à l'aide d'ontologies. Des APIs doivent maintenant être développées afin d’automatiser la génération de jeux de données et de métadonnées normalisés à partir des triplets produits par les annotations sémantiques.

Description du travail

L'ingénieur sera responsable du développement des APIs pour 1) la production de métadonnées (standard ISO 19115/19139), 2) la génération de jeux de données (par exemple au format netCDF) et 3) leur identification/publication à l’aide de Digital Object Identifier (DOI). Les informations à publier sous forme de métadonnées ou de jeux de données proviendront d’un requêtage SPARQL de dépots (triple stores) alimentés par l'annotation sémantique des ressources de l’infrastructure. Les nouveaux développements informatiques bénéficieront des APIs précédemment développées dans ce domaine d'activité. L'ingénieur sera basé à INRA-PACA, Avignon. Il interagira avec les ingénieurs en charge du système d'information de gestion des données et d’annotation sémantique, essentiellement en France (Orléans) mais aussi dans d'autres pays européens participant aux projets AnaEE et ENVRIplus.

Compétences

  • Développement de logiciels et API
  • Bonne connaissance et expérience en JAVA
  • Connaissance de (certains) formats et normes de données/métadonnées
  • Connaissance ou expérience souhaitée dans le domaine du web sémantique
  • Bonne capacité de communication
  • Aptitude à travailler en équipe
  • Français et en anglais courant
Formation et experience

  • Master ou doctorat en informatique
  • Expérience professionnelle souhaitée (2 ans)
Dosage des activités enzymatiques par colorimétrie - Réalisation d’un essai circulaire interlaboratoire

La qualité du sol se définit par un très grand nombre de paramètres physiques, chimiques et biologiques mesurés par des méthodes dont la standardisation et la normalisation sont nécessaires à leur utilisation en routine.

Le projet Développement et normalisation internationale d’un indicateur de qualité des sols - Réalisation d’un essai circulaire international pour valider le dosage des activités enzymatiques par colorimétrie (projet de norme ISO/CD 20130) porté par Nathalie Cheviron, UMR Écologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (Inra, AgroParisTech) s’inscrit dans une démarche de normalisation des protocoles de mesure des activités enzymatiques de sols par des substrats colorimétriques.

Ce projet comporte deux grandes étapes :

1) l’élaboration du texte de norme - ISO/CD 20130 - Soil quality - Measurement of enzyme activity patterns in soil samples using colorimetric substrates in micro-well plates ;
2) la mise en place d’un essai circulaire réalisé à partir des mêmes échantillons de sols par des laboratoires de plusieurs pays.

La réalisation de l’essai permettra de produire un rapport scientifique à l’intention de l’Organisation internationale de normalisation (ISO) et l’Association française de normalisation (Afnor) afin d’appuyer la publication de la norme ISO/CD 20130.

De l’intérêt d’un essai circulaire interlaboratoire

L’objectif de l’essai interlaboratoire est de fournir des données démontrant la robustesse, la fiabilité et la reproductibilité du mode opératoire du dosage des activités enzymatiques de sols par des substrats colorimétriques en microplaques soumis à la standardisation auprès de l’ISO.

En pratique, la rédaction du protocole de réalisation de l’essai circulaire sous forme de pré-norme et le pilotage de l’essai sont placés sous la responsabilité de la plate-forme Biochem-Env* dont N. Cheviron assure au quotidien la direction technique. La plate-forme Biochem-Env assure également en amont le traitement des échantillons de sols collectés dans différents pays. Charge aux laboratoires participant à l’essai de réaliser ensuite les analyses dont la synthèse des résultats sera également assurée par la plateforme Biochem-Env.

Un projet qui démarre:

Mi-février, une première réunion de travail lançait officiellement le projet, rassemblant à Versailles la majorité des partenaires. Durant deux journées, les participants ont planché sur la mise en œuvre de cet essai circulaire. Ont été ainsi largement débattus le choix des sols, les protocoles de réalisation des mesures d’activités enzymatiques ou encore les méthodes d’analyse par le profil d’exactitude sans oublier le planning prévisionnel et quelques instants cordiaux sous un drôle de soleil d’hiver.



Le projet en chiffres

Neuf partenaires contribuent d’ores et déjà à ce projet :

  • UMR Écologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (Inra, AgroParisTech) - FRA
  • UMR Écologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et agro-écosystèmes (Inra, Montpellier SupAgro, Cirad, IRD) - FRA
  • Unité Agro-écologie des territoires, Ecole d’Ingénieurs en agriculture (FRA)
  • Unité Expertise en toxicologie/Écotoxicologie des substances, Institut national de l’Environnement industriel et des risques (FRA)
  • Centre d’études environnementales et marines, Univ. Aveiro (PRT)
  • Institut central pour la supervision et le contrôle en agriculture (CZE)
  • Univ. Göttingen (DEU)
  • Département des Sciences des plantes, du sol et de l’environnement, Univ. Florence (ITA)
  • Univ. Complutense de Madrid (ESP)

Sa durée est fixée à 1 an (2016-2017) et il bénéficie d’un financement conjoint de l’Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie (Ademe) et de l’Inra.

* Biochem-Env est un service de l’infrastructure AnaEE-France.

L’INRA recrute un chargé d’aide au pilotage de projet et de coopération internationale au sein de l’infrastructure de Recherche AnaEE dédiée à l’expérimentation sur les écosystèmes continentaux. Cette infrastructure, opérationnelle au niveau Français, est encore en phase de construction au niveau Européen avec la mise en place d’une structure coordonnée par la France dont le siège sera localisé à terme au CNRS à Gif sur Yvette. La personne recrutée accompagnera le développement et le fonctionnement de l’ensemble de l’infrastructure dans ses dimensions nationale et européenne en assistant les directeurs scientifiques dans la gestion des projets, la coordination de tous les acteurs et la communication interne et externe.

Missions
Les principales missions porteront sur :
• l’aide au bon fonctionnement opérationnel d'AnaEE France et AnaEE Europe, notamment l'organisation et la préparation des réunions, les comptes rendus et le suivi des décisions;
• le suivi d'activités scientifiques et techniques transversales à l'infrastructure nationale: il s'agira d'organiser les chantiers décidés par le comité de direction en définissant la démarche et en animant les collectifs scientifiques et techniques en charge de ces actions;
• l'appui aux équipes juridiques et scientifiques travaillant à la mise en place d’AnaEE via la rédaction des statuts, la définition des procédures de fonctionnement interne, la définition des relations avec les partenaires et la recherche de nouveaux pays membres;
• la gestion des relations avec les tutelles et les financeurs (reporting, réponses aux sollicitations) dans le cadre de la politique nationale des infrastructures de recherche;
• la communication interne et externe (gestion du contenu des sites webs, maitrise d’œuvre dans la production de supports de communication);
• l’organisation d’évènements portés par l’infrastructure (journées annuelles, workshops thématiques)

Compétences et capacités personnelles
Le chargé de projet (titulaire d’un master ou d’un diplôme équivalent) devra maîtriser les méthodes et les outils de la gestion de projet, de planification et de reporting, et de communication. Une très bonne maitrise de l’anglais écrit et oral est nécessaire. Au-delà des compétences techniques, le chargé de projet devra présenter un grand sens de l'organisation et de la communication afin de mener à bien ses missions en interaction avec les différents partenaires de l’infrastructure. Des connaissances en écologie seraient souhaitables pour une plus grande autonomie vis-à-vis des projets suivis.

Affectation et environnement :
Les structures de fonctionnement de l’infrastructure seront localisées sur le campus CNRS de Gif sur Yvette. En attendant leur mise en place, la personne sera rattachée administrativement à l’unité de recherche ECOSYS en charge de plusieurs plateformes d’AnaEE et localisée sur le centre INRA de Versailles. La personne recrutée travaillera directement avec les directeurs d’AnaEE-France (André Chanzy et Jean Clobert) et Europe (Michèle Tixier-Boichard et Jacques Roy) qui seront présents deux jours par semaine en région parisienne.

Contrat et Conditions Financières :
Le contrat initial est prévu jusqu’à la fin 2017. Le contrat devrait être renouvellé pour au moins un an en 2018. Le salaire brut est compris entre 2020 et 2500 € en fonction de l’expérience (rémunération correspondant au niveau ingénieur d’étude).

Contact :
André Chanzy, Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser., 0680993203

Pour toute candidature envoyer un CV et une lettre de motivation à André Chanzy

CDD Niveau IE (Ingénieur d'Etude) rémunéré selon la grille INRA de la fonction publique (1995 € brut/mois pour un débutant) Emploi à temps plein (35h50) Contrat à durée déterminée de 5 mois Poste à pourvoir mi-juin/début juillet

Lieux d'accueil/ Contact

Le CDD sera basé à l'INRA CARRTEL de Thonon les Bains.

Une chambre d'étudiant pourra être mise à disposition sur site.
INRA UMR CARRTEL 75 avenue de Corzent 74200 Thonon les Bains (Haute-Savoie)

Formation / Compétences souhaitées

  • Niveaux requis: Licence, Master, Ecole d'ingénieur.
  • Les niveaux bac + 2 avec expérience pourront être étudiés
  • Idéalement avec une double compétence en informatique et biologie.Connaissance en base de données, biologie, environnement...
  • Goût pour la recherche, les échanges et le travail en équipe.
  • Esprit d'analyse et critique
  • Capacité d'écriture de documents, bon niveau de français.
  • La connaissance d'UML ou Merise serait appréciée.
Le profil de poste complet est disponible au téléchargement ci-dessous :



Documents à télécharger



Après quelques années d’interruption, les Journées d’Ecologie Fonctionnelle redémarrent, associées aux journées du programme d’infrastructure AnaEE-France. L’étude des processus d’acquisition et d’utilisation des ressources au niveau des organismes et l’étude des processus biotiques et abiotiques associés aux cycles biogéochimiques au niveau de l’écosystème caractérisent l’Ecologie Fonctionnelle et sont au cœur des grands défis actuels tel que la sécurité alimentaire et le maintien des services écosystémiques dans un contexte de changement climatique et de crise de la biodiversité.

S’adressant comme par le passé aux communautés des agronomes et des écologues du domaine, ces journées ont pour but de faire le point des recherches, principalement françaises, sur les thématiques de l’écologie fonctionnelle, de faire émerger des domaines novateurs et d’intensifier les interactions entre les chercheurs du domaine tout en y associer largement les étudiants. Ces journées avec une thématique scientifique focalisée se positionnent comme complémentaires des colloques généralistes en écologie ou agronomie.

Les thématiques choisies chaque année (voir le fichier ci-joint Sessions JEF/AnaEE pour 2017) seront introduites par un orateur invité. Pour permettre la participation de collègues en dehors de l’Hexagone, l’ensemble des présentations seront faites en anglais. L’association avec les journées AnaEE-France se traduira par la présence de stands présentant les plateformes expérimentale de cette infrastructure et par une demi-journée consacrée aux ateliers AnaEE-France, ateliers ouverts à tous.

Le comité de direction d’AnaEE-France constitue le comité scientifique permanent des JEF/AnaEE et a délégué l’organisation de l’édition 2017 à Montpellier (Eco&Sol, LEPSE, CEFE et Ecotron Montpellier) en liaison avec Toulouse (SETE) et Paris (ECOSYS et ESE). Ces journées se dérouleront du 28 mars après midi au 31 mars matin en résidentiel au Club Belambra de La Grande Motte. Un site d’inscription sera ouvert courant janvier qui permettra de préciser votre contribution et de régler les frais de participation (modiques tout en incluant les frais de séjour).

Merci de réserver les dates des 28 au 31 mars, de commencer à réfléchir à une contribution orale ou poster, et de diffuser cette information à vos collègues chercheurs et étudiants. Nous comptant sur votre participation.

 

 Pour un apercu du programme détaillé, vous pouvez télécharger le document ci-dessous

CD_130213_RD.pdf

La station alpine Joseph Fourier (SAJF) est une infrastructure de recherche membre d'AnaEE France située au col du Lautaret dans les Alpes françaises. Nous accueillons des projets centrés sur les environnements de montagne et couvrant un large spectre de disciplines : biologie, écologie, géosciences, sciences humaines et sociales. Prenez contact avec Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. afin que nous puissions vous accueillir. Nous examinons les propositions au fil de l'eau. Dans l'idéal, merci de nous contacter deux mois avant le début de vos projets. Des informations complémentaires sur les activités et les infrastructures de la SAJF sont consultables sur notre site, ici avec notamment accessible un diaporama résumé.
La date limite de soumission des résumés est repoussée au 15 décembre 2016 à midi. 

Pour mémoire, le thème est :

Écohydrologie et Transferts hydriques en milieux poreux

L'Écohydrologie est l’étude des interactions entre la biosphère et l’hydrosphère, et, en particulier, des relations sols-plantes, sols-faune, et sols-microorganismes.

Ces Journées se déclineront autour des sous-thèmes :

  • Fonctionnement des Ecosystèmes
  • Agriculture et écologie
  • Milieu urbain
  • Méthodes de mesure et modélisation physique
Pour chacun des ces sous-thèmes, les communications ou posters des intervenants pourront porter sur des sujets relatifs aux aspects suivants : 

  • flux d'eau et flux associés,
  • sol,
  • cycle biogéochimiques,
  • biologie du sol,
  • pollutions,
  • changements globaux (modification de la ressource en eau,évènements extrêmes, réchauffement)
Les Journées Scientifiques en 2016 sont co-organisés par le GFHN, et la fédération de recherche ECCOREV (CNRS FR3098) et l'IMBE (UMR Université Aix Marseille / CNRS 7263 / IRD 237 / Avignon Université).

Elles se dérouleront du 23 au 25 janvier 2017 à l’Observatoire de Haute-Provence à 04870 St Michel l'Observatoire

soumission et détails sur le site gfhn2016.sciencesconf.org/ 

La prochaine journée d'animation aura lieu le 26 mai 2016 sur le campus INRA d'Avignon. Toutes les informations sont en ligne sur le site. Pour des raisons logistiques, l'inscription est obligatoire
https://journees.inra.fr/record

Par ailleurs, la prochaine formation à l'utilisation de la plateforme est planifiée du 30 mai au 3 juin à Toulouse. Les deux derniers jours sont réservés au travail sur les projets des participants. Pour vous inscrire, envoyer un mail à Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Toutes les infos sur le site RECORD: https://www6.inra.fr/record/Page-d-accueil/Actualites/Formation-RECORD2

L’intégration de la SETE (Station d’Ecologie Théorique et Expérimentale de Moulis) dans AnaEE France lui a permis notamment d’élargir son offre de service dans le domaine du phénotypage des petits animaux par l’acquisition et la mise en service d’un appareil d’Imagerie par Résonnance Magnétique (IRM) dans un environnement de laboratoire adapté. L’un des avantages de cette technologie est de pouvoir examiner en coupes virtuelles dans les trois dimensions de l’espace les structures internes des organismes -spécialement les tissus mous- de façon non invasive. Les mesures peuvent donc être répétées dans le temps sur un même individu sans effet sur celui-ci et poursuivies éventuellement sur sa descendance. Il s’agit donc d’une technique indispensable à l’étude de variations de traits internes au cours du
développement des organismes ainsi que de leur transmission et de leur évolution de génération en génération.

Présentation du dispositif

 

L’appareil IRM de la SETE possède un puissant aimant de 4.7 Tesla qui permet d’acquérir des images à haute résolution. En partenariat avec le fabriquant MR Solutions Ltd., la SETE développe actuellement une gamme de bobines de taille et forme variées adaptées à de très nombreuses espèces d’animaux y compris aquatiques, de plantes, voire des objets, d’un diamètre inférieur à 7 cm. Le système est également équipé d’un spectroscope (SMR) permettant d’analyser le dosage et la composition de métabolites.

 
 

 

L’IRM nécessitant une immobilité totale pendant toute la durée de l’examen, l’appareil peut être couplé à un système de monitoring de sédation/anesthésie au gaz. La SETE possèdeégalement les infrastructures et les compétences pour adapter pour de nombreuses espèces la contention de l’animal dans le respect de son bien-être.

 

 


 

Un gardon (Rutilis rutilis) endo-parasité par un cestode. Ce ver, qui peut atteindre 25 cm de long, n’est détectable de façon non-invasive pour l’hôte qu’à un stade avancé de développement lorsqu’il provoque des déformations visibles extérieurement de l’abdomen de son hôte. L’examen par IRM permet de caractériser la charge parasitaire très précocement et de suivre son évolution et ses effets sur l’organisme.

 
 


Contact : Olivier GUILLAUME, Ingénieur de Recherche à la SETE, Responsable du Service IRM, olivier.guillaume[at]sete.cnrs.fr

Le lundi 7 décembre 2015 s'est tenue au Muséum d’Histoire Naturelle de Toulouse la Première Journée de l’Infrastructure nationale AnaEE France.

Ouverte à tous les utilisateurs potentiels de l’infrastructure, cette journée avait pour objectifs de permettre une rencontre avec les responsables des services afin de mieux apprécier l’offre de l’infrastructure. Ce fut également l’occasion d’échanger avec les participants sur leurs besoins et les modalités de son fonctionnement.

Cette plate-forme technique a été mise en place pour permettre aux écologistes d'effectuer une analyse à grande échelle de l'ADN environnemental via une approche métacarcodique. L'ADN métacarcodifié fait référence à l'identification par ADN à haut débit d'espèces multiples provenant de l'ADN environnemental. Les principales applications consistent à analyser le régime alimentaire à partir des matières fécales, à évaluer la biodiversité en utilisant des échantillons de sol ou d'eau et à reconstruire la paléo-environnement à l'aide de sédiments lacustres et d'échantillons de pergélisol.

La plateforme eDNA est composée de trois salles d'extraction pré-PCR dédiées aux fèces, au sol et à l'ADN ancien, ainsi qu'à plusieurs salles post-PCR dédiées à la purification et au titrage de produits PCR. Le séquençage de prochaine génération sur les plateformes Illumina (HiSeq ou MiSeq) est externalisé.

Outre l'équipement de base (centrifugeuses, vortex, etc.), la plate-forme eDNA est équipée d'une tête de pipetage 96 et de deux machines PCR avec chacune 384 têtes. Cela permet la mise en place, l'amplification et la purification de plus de 4500 PCR par jour.

Pour l'échantillonnage à grande échelle (sol ou fèces), la plate-forme eDNA possède des équipements qui peuvent être transportés et installés sur le terrain pour permettre l'extraction d'ADN juste après l'échantillonnage et pour ramener l'ADN sur les colonnes d'extraction. En utilisant cette approche, des extractions à grande échelle ont été effectuées en Guyane française, en Chine et en Afrique du Sud.

Le personnel impliqué dans la plate-forme eDNA a toutes les compétences pour concevoir de nouveaux metabarcodes et les tester in silico, pour la conception des expériences (nombre d'échantillons, nombre de lectures de séquence, nombre de contrôles positifs et négatifs, comment produire une base de données de référence, etc.), pour la réalisation des expériences en laboratoire et pour l'analyse de la production des séquenceurs nouvelle génération (en utilisant un ensemble de programmes développés dans la plate-forme eDNA, et spécifiquement dédiés au méta-codage ADN, http://metabarcoding.org/obitools ).

Contact: Pierre Taberlet, responsable scientifique de la plateforme, Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Appel à projets de recherche expérimentale sur les écosystèmes et la biodiversité dans les Ecotrons 

Le CNRS en partenariat avec l'Ecole normale supérieure de Paris ouvre l'accès à l'Ecotron Européen de Montpellier et à l'Ecotron IleDeFrance aux groupes de recherche nationaux ou internationaux dans les domaines de l'écologie, de la biologie des populations et des communautés et de l'agronomie. Les Ecotrons permettent un contrôle précis de l'environnement et l'enregistrement détaillé des états et activités des organismes et des écosystèmes à différentes échelles. Des plateformes abritant des unités expérimentales répliquées sont disponibles pour des expérimentations sur les écosystèmes terrestres et aquatiques sur la période 2016-2018. Afin d'organiser au mieux la coordination des futures expérimentations, il est recommandé d'envoyer les propositions de projets plusieurs mois avant la date souhaitée de début du projet.

Les propositions peuvent être saisies directement en ligne sur le site web des Ecotrons où vous trouverez également tous les contacts et informations utiles: http://www.ir-ecotrons.cnrs.fr/?lang=en.

A l'occasion de la venue de Philippe Mauguin, nouveau PDG de l'INRA, les nouveaux locaux de la plateforme seront inaugurés le 9 décembre 2016. Ce nouvel espace va permettre à la plateforme d'augmenter sa capacité analytique dans de nouveaux laboratoires dédiés à l'étude de la diversité biologique des sols et de réunir dans un même endroit les personnes travaillant dans la plateforme. La plateforme GenoSol est une composante de l'UMR Agroécologie à l'INRA de Dijon. Les travaux ont été financés par l'infrastructure AnaEE France, dont la plateforme fait partie, et le conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté à hauteur de 1 282 000 €.
Participez à notre enquête pour nous faire part de vos attentes !

La température augmente… Comment essayer de mieux prédire les conséquences d’un réchauffement du climat sur la biodiversité et les paysages de nos montagnes ?

Les chercheurs du laboratoire d'écologie alpine (Université Grenoble Alpes, Université Savoie Mont Blanc et CNRS) mettent en place, avec le soutien de la commune du Monêtier-les-Bains et de la Station alpine Joseph Fourier (une des plateformes expérimentales AnaEE France), un vaste projet destiné à mieux comprendre comment nos alpages vont répondre aux changements du climat. Du 26 au 30 septembre, de petites parcelles de terrain prélevées à 2 500 m d’altitude sur les pentes du Galibier ont été transférées par hélicoptère quelques 600 m plus bas. Cette descente forcée devrait mimer un brutal réchauffement climatique, de l'ordre de 3°C. Les chercheurs examinent comment les plantes, les insectes, et les micro-organismes du sol, s’acclimatent à ce nouvel environnement. Les suivis se feront pendant au moins une dizaine d’années.

80 m2 de terrain se sont envolés par hélicoptère mercredi 28 septembre, après une semaine d'intense préparation mobilisant au total plus de vingt personnes pendant 10 jours. A terme, des panneaux à destination du grand public seront proposés, afin de contribuer au développement du tourisme scientifique dans notre territoire.



Première Journée de l’Infrastructure nationale AnaEE France le lundi 7 décembre 2015
à partir de 10h au Muséum d’Histoire Naturelle de Toulouse

Au col du Lautaret, l'année 2016 a été marquée par l'inauguration de la galerie de l'Alpe . Retour sur un évènement qui a ponctué notre actualité.  

A 2 100 mètres d’altitude, la Station alpine Joseph Fourier, unité mixte de service de l’Université Grenoble Alpes et du CNRS, réunit l’agrément d’un jardin botanique alpin unique en Europe, présentant plus de 2 000 espèces de plantes en provenance du monde entier (20 000 visiteurs/an), et l’excellence d’une infrastructure de recherche, fédérant des chercheurs du monde entier qui étudient la réponse des écosystèmes et territoires de montagne aux changements globaux.

Pour accomplir pleinement ces missions, entre science, tourisme et diffusion des savoirs, un nouveau bâtiment a été construit pour un montant de près de 3 millions d’euros grâce au soutien de l’Etat et des collectivités territoriales.



Près de 300 personnes rassemblées au Col du Lautaret

Le 29 juin dernier sous le soleil des Hautes-Alpes, la Galerie de l’Alpe a été officiellement inaugurée par les partenaires financiers et scientifiques de ce nouvel équipement. Près de 300 personnes étaient présentes pour l’événement dont de nombreux élus et responsables du développement économique et touristique du territoire.

Après le temps des discours, Jean-Gabriel Valay, directeur de la Station alpine Joseph Fourier, Lise Dumasy, présidente de l’Université Grenoble Alpes, Patrick Lévy, président de la Communauté Université Grenoble Alpes, Stéphanie Thiebault, directrice de l’Institut écologie et environnement (INEE) du CNRS, Claire Bouchet, députée suppléante de Joël Giraud, Arnaud Murgia, délégué au développement de l’économique numérique du Département des Hautes-Alpes, Alain Fardella, président de la Communauté de communes du Briançonnais, Olivier Fons, maire de Villar d’Arène, Chantal Eyméoud, vice-présidente du Conseil régional Provence-Alpes-Côte d’Azur, et Isabelle Sendrané, sous-préfète des Hautes-Alpes ont procédé au geste inaugural : le dévoilement d’un bloc de marbre de Guillestre. Un geste symbolique qui illustre l’ancrage de la Station alpine Joseph Fourier dans ce site exceptionnel. "Le message, c’est la station dans son territoire, le lien avec la géologie, les plantes, la roche et l’hommage à Serge", a rappelé Jean-Gabriel Valay.

A travers la pose d’une plaque commémorative sur le chalet Mirande et un séminaire scientifique (les 29 et 30 juin), cette cérémonie a été l’occasion de rendre un émouvant hommage à Serge Aubert, directeur de la Station alpine Joseph Fourier de 2005 à 2015. Enseignant, chercheur, naturaliste et homme de culture, l’engagement de Serge Aubert a profondément marqué l’histoire et le rayonnement scientifique de la Station alpine Joseph Fourier.

La galerie de l’Alpe, un bâtiment polyvalent et moderne

Inaugurée le 29 juin dernier, la Galerie de l’Alpe s’élève sur l’emplacement de la ruine de l’ancien hôtel-restaurant de la compagnie Paris-Lyon-Méditerranée (PLM) détruit en 1944. Ce nouveau bâtiment permet désormais à la Station alpine Joseph Fourier (unité mixte de service du CNRS et de l’Université Grenoble Alpes) d’accomplir pleinement ses missions d’accueil du public, de formation et de recherche. Entre science, tourisme et diffusion des savoirs, la construction de la Galerie de l’Alpe s’inscrit ainsi dans l’histoire de ce site grandiose, qui remonte à 1899 avec la création du Jardin botanique alpin du Lautaret, l’un des plus beaux d’Europe, par le Professeur Jean-Paul Lachmann.

D’un montant total de 2,7 millions d’euros, la construction de la Galerie de l’Alpe a été financée par l’État dans le cadre du Pôle d’excellence rurale « Nature, sciences et tourisme » (230 000 €), l’Union européenne à travers le Fonds européen de développement régional (400 000 €), la Région Provence-Alpes-Côte d’Azur (900 000 €), le Département des Hautes-Alpes (350 000 €), la Communauté de communes du Briançonnais (100 000 €) et l’Université Grenoble Alpes (720 000 €).

Les équipements scientifiques de la Galerie de l’Alpe ont été financés par le CNRS et l’Université Grenoble Alpes dans le cadre du programme « Investissements d’avenir » AnaEE (Analyse et expérimentation sur les écosystèmes 2012-2020).

Au cœur de la diffusion des savoirs

Le Jardin botanique alpin du Lautaret est l’une des principales attractions touristiques estivales du département (20 000 visiteurs par an). Etiquetage rigoureux et visites guidées gratuites contribuent à l’éducation du public. La Station alpine Joseph Fourier édite et commercialise "Les cahiers du Lautaret" ; organise et publie des résidences d’artistes (en juin 2016, l’écrivain Rick Bass-USA, le dessinateur Yves Berger-UK ainsi que le photographe belge Daniel Michiels) ; produit et commercialise la collection Dominique Villars, un catalogue qui affirme l’importance du dessin botanique (dessinateurs du monde entier depuis 2006 : troisième livret en 2016) ; organise des conférences scientifiques grand public les "Lundi de la Galerie" ; propose des expositions ; met à disposition une base de données photographique (30 000 photos). La SAJF participe à de nombreux événements à l’échelle locale (floralies, animations…), nationale (rendez-vous aux Jardins, semaine nationale de l’Amérique Latine, colloques…) internationale (science-art event, Université de Louisiane, colloques) et est présente dans les radios, journaux et télévisions au niveau régional et national.

Les responsables des plateformes aquatiques du nœud2 (expérimentation en milieu semi-naturel) d’AnaEE-France ainsi que des experts des systèmes aquatiques se sont réunis le 13 mai à la Station d’Ecologie Expérimentale du CNRS à Moulis.

Thierry Mandon, Secrétaire d’État chargé de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, Valérie Pécresse, Présidente de la Région Île-de-France, Marc Mézard, Directeur de l’Ens, et Alain Fuchs, Président du CNRS, inaugureront le 11 octobre 2016 le bâtiment et la plateforme technique de l’Ecotron IleDeFrance en présence de Jean-Luc Marx, Préfet de Seine-et-Marne, Valérie Lacroute, Députée-maire de Nemours, Isoline Millot, Vice-présidente du Département de Seine-et-Marne, et Bernard Rodier, Maire de Saint-Pierre-lès-Nemours. L’inauguration du bâtiment sera suivie de la pose d’une plaque et d’une visite du bâtiment, des laboratoires de recherche et des équipements scientifiques en présence des chercheurs et des équipes techniques.

L’Ecotron IleDeFrance est une infrastructure de recherche du CNRS et de l’Ecole normale supérieure faisant partie des services AnaEE France, inscrite sur la feuille de route nationale des infrastructures de recherche, et dédiée à l’analyse de la dynamique d’écosystèmes continentaux terrestres et aquatiques soumis à des régimes climatiques allant jusqu’aux plus extrêmes.

La première assemblée générale AnaEE France se déroulera les 7 & 8 décembre prochains à Toulouse. Nous vous invitons d'ores et déjà à bloquer ces dates dans vos agendas!

AnaEE France a tenu un stand de présentation lors de la conférence SFEcologie 2016 qui se tenait au Palais du Pharo à Marseille du 24 au 28 octobre.

Pour plus d'informations sur la conférence, vous pouvez visiter le site internet dédié: https://sfecologie2016.sciencesconf.org/

Sfécologie 2016 will host ca. 500 oral contributions and 400 posters covering most conceptual domains of ecology. 20 broad key topics are proposed in order to sort submitted contributions. These broad topics aim to be transversal among biomes, in particular we will encourage submissions on both terrestrial and marine ecosystems.

        • Agricultural ecology
        • Behavioural ecology 
        • Biological invasions
        • Chemical ecology
        • Conservation biology, policies and management
        • Ecophysiology
        • Ecosystems functioning and dynamics
        • Evolutionary ecology
        • Genetics and molecular ecology
        • Global change
        • Health and biodiversity
        • Landscape ecology
        • Long-term ecology
        • Macro-ecology & biogeography
        • Networks and biotic interactions
        • Parasites, pathogens and disease
        • Population and community ecology
        • Restoration ecology
        • Socio-ecosystems and ecological services
        • Soil ecology, biogeochemistry and plant-soil interactions 
        • Urban ecology

La première réunion du Groupe de travail AnaEE France "Biodiversité" s'est déroulée les 16, 17, 18  Février  2015 à la Station d'écologie expérimentale du CNRS à Moulis (Ariège).

Les thèmes principaux étaient:

  • Analyse des relations entre biodiversité et fonctionnement des écosystèmes : Sébastien Ibanez & Michel Loreau
  • Mesures de la biodiversité : Sandrine Pavoine (représentée par Eric Marcon) & Bart Haegeman

La plateforme GEH intègre l'infrastructure nationale 'AnaEE-France' pour la production de données de séquençage massif et de quantifications de gènes à haut débit.


Présentation:

La plate-forme Génomique Environnementale et Humaine propose la réalisation et l'accompagnement de projets de séquençage, de la préparation des librairies jusqu'à l'analyse primaire bio-informatique des données générées par les équipements dédiés au NGS (Next Generation Sequencing).

La plate-forme bénéficie d'un environnement scientifique mêlant le domaine de l'écologie au domaine de la santé. Ce volontarisme et la vision associée offre des réflexions originales et des transferts de connaissance et de savoir-faire réciproques aux 2 domaines. D'autre part, ce positionnement scientifique de la plateforme est stimulant pour le développement de méthodologies innovantes.

La plate-forme Génomique Environnementale et Humaine est dirigée par Philippe Vandenkoornhuyse et Jean Mosser et sous la responsabilité technique de Sophie Michon-Coudouel et de Marc Aubry.

Un comité de pilotage se réuni périodiquement pour discuter des orientations stratégiques prospectives de la plateforme et présenter les développements réalisés et ceux envisagés.

La plate-forme est physiquement implantée sur les deux campus universitaires de Rennes.


La plate-forme GEH est dotée d'équipements de séquençage de 2ème génération (Illumina MiSeq, HiSeq) et d'un grand nombre d'équipements satellites nécessaires à la préparation, la quantification et à la vérification de la qualité des librairies d'échantillons.

Labellisation Ibisa:

La plate-forme GEH (composante de Biogenouest génomique) est labellisée Ibisa depuis avril 2012.

Certification ISO9001:


La plate-forme a obtenu la certification qualité ISO9001 version 2008 le 31 décembre 2012.

Quels avantages pour les utilisateurs de la plate-forme ?

La certification ISO 9001 du système de management de la plate-forme est une garantie de son aptitude à fournir régulièrement un produit conforme aux exigences de ses utilisateurs et de son engagement dans l’accroissement de la satisfaction de ses utilisateurs par l'application efficace du système, et en particulier, la mise en œuvre d’un processus d'amélioration continue.

La certification plus en détails

La plate-forme est certifiée pour ses activités de conduite de projet en génomique (CPG) et mise à disposition d'équipement (MAD). Vous pouvez prendre connaissance des engagements et de la politique Qualité de Biogenouest Génomique en consultant son Manuel qualité.

La politique qualité de Biogenouest Génomique est définie par son comité de direction. Elle fait l'objet d'une revue annuelle afin de déployer des orientations nouvelles si besoin et d'améliorer l’efficacité du système de management de la qualité.

Pour plus d'informations: https://geh.univ-rennes1.fr/

Comme dans toute grande infrastructure distribuée, il est nécessaire de réfléchir aux moyens permettant un partage des méthodes d’observation et de mesures utilisées au sein d’AnaEE France : comment faire pour harmoniser ces pratiques tout en s’inspirant de ce qui est fait dans d’autres réseaux et infrastructures et en proposant des réponses spécifiques aux enjeux propres à AnaEE France ?

Equipex PLANAQUA & Pépinière interdisciplinaire CNRS-PSL
Appel à projets de recherche exploratoire 2017


L'Equipement d'excellence PLANAQUA (PLAteforme NAtionale Expérimentale en écologie AQUAtique) de l'Infrastructure nationale en biologie santé AnaEE France organise en collaboration avec la Pépinière interdisciplinaire CNRS de site PSL (Paris-Sciences et Lettres) "Eco-Evo-Devo" un appel à projets scientifiques incitatifs. Destinés à financer des projets de recherche exploratoire (montant maximum de 15 k€) utilisant les équipements et les instruments de la plateforme PLANAQUA sur une période inférieure à une année, cette action vise à fédérer des équipes de recherche nationales travaillant sur des thématiques d'interfaces: structure et dynamique des réseaux écologiques et de leur diversité, analyse du fonctionnement des écosystèmes et leurs réponses aux changements climatiques, plasticité des organismes et rétroactions éco-évolutives dans les processus d'adaptation. L'appel est ouvert aux équipes de PSL et à leurs partenaires à l'échelle nationale et il est maintenant disponible en ligne (www.cereep.ens.fr). La date limite de dépôt des dossiers de 2017 est fixée au 1er décembre 2016.

"La métatron, un simulateur du réchauffement climatique", tel était le titre du reportage consacré à ce service de l’infrastructure AnaEE France lors du journal télévisé de 20h sur TF1 le 28 août. À voir ici.

AnaEE France a tenu un stand de présentation lors de la conférence EcoSummit 2016 - Ecological Sustainability: Engineering Change qui s'est tenue au Corum de Montpellier du 29 août au 1er septembre dernier.

Pour plus d'informations sur la conférence, vous pouvez visiter le site internet dédié: http://www.ecosummit2016.org/

The 5th International EcoSummit Congress, EcoSummit 2016 - Ecological Sustainability: Engineering Change, has taken place at The Corum Convention Centre, Montpellier from 29 August – 1 September 2016. This conference series was founded in 1996 in Copenhagen, as a forum to meet the demands of scientists working in several new ecological disciplines, and who required a better understanding of the concepts and methods for a holistic use of ecology in environmental management. Since 1996, EcoSummit has been taken around the world (Canada and China), with EcoSummit 2012 hosting 1600 participants from 75 countries in Columbus, Ohio, USA.

EcoSummit 2016 centred on the ecology of terrestrial ecosystems and all habitats that are integrated within those ecosystems, including river networks, wetlands and coastlines. Focus was placed on fragile ecosystems that are more likely to suffer the consequences of climate change and anthropogenic pressure. However, in the current context of an increasing world population, changes in social habit (increasing world consumerism) and climate change, it is evident that agriculture is being intensified but with a growing awareness of the need to preserve and use sustainably world resources. Therefore, we also addressed how terrestrial restoration can be carried out when the massive demand for food results in fragile ecosystems, forests and marginal lands being turned over to agriculture. The central and fundamental topics of EcoSummit 2016 were as follows:

Topics

  • Agro-ecology
  • Anthropogenic pressure
  • Arid lands and desertification
  • Biodiversity and biological conservation
  • Biological invasions
  • Climate change
  • Disturbance ecology
  • Ecohydrology
  • Ecological complexity
  • Ecological economics
  • Ecological engineering
  • Ecological indicators
  • Ecological intensification
  • Ecological modelling
  • Ecosystem creation and restoration
  • Ecosystem health
  • Ecosystem services
  • Ecotoxicology
  • Environmental policy
  • Fragile ecosystems and hotspot management
  • Integrating socio-economics and ecology
  • Sustainability and resilience
  • Watershed/River catchment management

 

La vidéo de présentation de l'infrastructure européenne AnaEE est désormais visible en suivant ce lien. Les objectifs d'AnaEE y sont présentés: ils reflètent à l'échelle européenne l'ambition d'AnaEE France à l'échelle nationale.

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